外来性の抗原物質（アレルゲン：食物、ハチ毒、薬剤など）に対して IgE という免疫抗体を持っていると、アレルゲンと IgE 抗体が結合し、粘膜や皮膚にある肥満細胞という細胞を刺激して、ヒスタミンなどの活性物質を放出させます。このヒスタミンなどの作用により毛細血管は拡張し、透過性が高まり血液水分が漏出して、皮膚・粘膜に発赤と浮腫が起き、痒い蕁麻疹（じんましん）となります。このヒスタミンには鼻炎症状や気管支や消化腸管を収縮して、呼吸困難、下痢を起こす作用もあります。アナフィラキシーは、アレルゲンが体内に入って、皮膚、呼吸器、循環器、消化器などの全身の臓器が急速に障害される状態です。このうち、血圧が低下して急性の循環不全になる重症な反応をアナフィラキシーショックと呼びます。こうなると、意識障害から失神することもあります。